Генеральный Секретариат является исполнительным органом Агентства. Генеральный Секретариат состоит из генерального секретаря, экспертов и технических сотрудников. Отделы Генерального Секретариата:
Генеральный Секретарь
Отдел Планирования, Программирования и Координации
Отдел Управления Разработкой Программ
Отдел Мониторинга и Оценивания
Отдел Поддержания Инвестиций
Отдел Поддержания
