Genel Sekreterlik Ajansın icra organıdır. Genel Sekreterlik bünyesinde Yönetim Kurulu karşısında sorumlu olan Genel Sekreter, uzmanlar ve destek personeli barındırmaktadır.Genel Sekreterlik birimleri:
- Genel Sekreter
- Planlama, Programlama ve Koordinasyon Birimi
- Program Yönetim Birimi
- İzleme ve Değerlendirme Birimi
- Yatırım Destek Ofisi
- Destek Birimi
