Η Μονάδα Διοίκησης Προγραμμάτων, είναι υπέυθυνη για τη διοίκηση των περιφερειακών προγραμμάτων που ετοιμάζονται από την ΜΣΠΣ. Η ΜΔΠ είναι υπεύθυνη στην εφαρμογή της διαδικασίας από την συγκέντρωση αιτήσεων συμμετοχής σε προγράμματα, στον καθορισμό των δικαιούχων έως την υπογραφή των συμβάσεων. Οι αρμοδιότητες και τα καθήκοντα της ΜΔΠ είναι:
-Κατάρτιση του γενικού πλαισίου των μηχανισμών εφαρμογής και ανανέωσή του.
-Καθορισμός των όρων υποβολής αιτήσεων και των κριτηρίων αξιολόγησης στα πλαίσια που ορίζονται απο τον οδηγό των προγραμμάτων στήριξης.
-Συγγραφή και διανομή οδηγών συμμετοχής που απευθύνονται σε πιθανούς δικαιούχους. Συνεχή δημοσίευση στην ιστοσελίδα του πρακτορείου του οδηγού υποβολής συμμετοχών για τις εφαρμογές στήριξης άμεσων δραστηριοτήτων.
-Προετοιμασία των υλικών προβολής για την ανακοίνωση ενδιαφέροντος (φυλλάδια, αφίσες, αγγελίες τύπου κτλ.)
-Ανακοίνωση της έκκλησης ανακοίνωσης ενδιαφέροντος στην κοινή γνώμη, διοργάνωση συγκεντρώσεων πληροφόρησης.
-Πραγματοποίηση εκπαιδεύσεων για την συγγραφή προγραμμάτων που απευθύνονται σε πιθανούς δικαιούχους.
-Ανάρτηση των ερωτήσεων των πιθανών δικαιούχων μαζί με τις απαντήσεις τους στην ιστοσελίδα του Πρακτορείου, στο τμήμα `Συχνών Ερωτήσεων` (ΣΕ) ώστε να εξασφαλιστεί η δυνατότητα ίσης πληροφόρησης προς όλους.
-Αποδοχή υποβολής προγραμμάτων και εγγραφή τους
-Τροποποίηση της έκκλησης υποβολής όταν απαιτείται.
-Καθορισμός των κριτηρίων επιλογής των ανεξάρτητων αξιολογητών που θα αξιολογούν τις αιτήσεις. Δραστικός ρόλος στη διαδικασία επιλογής.
-Αξιολόγηση της επίδοσης των ανεξάρτητων αξιολογητών.
-Σχεδιασμός και διοίκηση των διαδικασιών αξιολόγησης.
-Ανακοίνωση της λίστας επιτυχόντων που προκύπτει μετά από τις τελικές αξιολογήσεις της επιτροπής αξιολόγησης και επικυρώνεται από το Δ.Σ.
-Ανακοίνωση των αποτελεσμάτων σε όσους έχουν υποβάλλει προγράμματα μαζί με τους λόγους τους.
-Αναθεώρηση των προϋπολογισμών των προγραμμάτων που εγκρίθηκαν, πληροφόρηση των δικαιούχων πριν τη διαδικασία υπογραφής σύμβασης.
-Πρόσκληση των δικαιούχων των οποίων τα προγράμματα εγκρίθηκαν για την υπογραφή των συμβάσεων.
-Μεταβίβαση των εγγράφων των προγραμμάτων που εγκρίθηκαν στη Μονάδα Παρακολούθησης και Αξιολόγησης.
