Η Γενική Γραμματεία είναι το εκτελεστικό όργαμο του Πρακτορείου. Στη δομή της Γενικής Γραμματείας στεγάζονται ο Γενικός Γραμματέας που φέρει την ευθύνη έναντι του Δ.Σ., ειδικοί και προσωπικό υποστήριξης. Μονάδες Γενικής Γραμματείας:
-Γενικός Γραμματέας
-Μονάδα Σχεδιασμού, Προγραμματισμού και Συντονισμού
-Μονάδα Διοίκησης Προγραμμάτων
-Μονάδα Παρακολούθησης και Αξιολόγησης
-Γραφείο Επενδυτικής Στήριξης
-Μονάδα Στήριξης
