Le Secrétariat Général est l’organe d’exécution de l’Agence, il comprend un Secrétaire Général responsable face au Conseil Exécutif, des experts et le personnel de soutien.
Les divisions du Secrétariat Général sont:
* Le Secrétaire Général
* Division de la Planification, la Programmation et de la Coordination
* Division d’Application de Programme
* Division de Surveillance et d’Evaluation
* L’Office de Soutien à l’Investissement
* Division de Soutien
