Das Generalsekretariat ist das ausführende Organ der Agentur, die aus Generalsekretär, Experten und Förderungs- Mitarbeiter besteht. Die Einheiten des Generalsekretariats sind:
- Generalsekretär
- Planung, Programmierung und Koordinationsstelle
- Programm-Management Unit
- Überwachung und Auswertungs- Abteilung
- Investitionsförderungs- Büro
- Förderungsbüro
